Göz alerjisi farklı nedenlerden dolayı ortaya çıkabilmektedir. Çeşitli ilaçların içindeki malzemeler, makyaj malzemeleri göz alerjilerine neden olabilmektedir. Göz alerjisi başlangıç aşamasında zararsız gibi gözükse de ilerleyen dönemlerde korneada damarlanma ve gözyaşı kanallarında tıkanıklığa neden olabileceği için önemsenmelidir. Göz alerjilerinin doktor tarafından doğru teşhis edilebilmesi için öncelik olarak hastanın hikayesinin dinlenmesi gerekmektedir. Hastanın anlatacakları, laboratuar sonuçları ve fiziki muayene sonrasında doğru teşhis konulması ihtimali yüksektir. Bazı durumlarda ise kişide göz alerjisi olduğu düşünülmekte fakat daha sonra tanının yanlış konulduğu ortaya çıkmaktadır. Kırmızı göz durumu ile göz alerjisi çok karıştırılmaktadır. Kırmızı göz durumu ile göz alerjisinin birbirinden ayrılabilmesi için doktor tarafından iyi bir muayeneye ihtiyaç duyulmaktadır. Detaylı muayene sırasında doktorun teşhisten emin olabilmesi için gerek gördüğü durumda göz kapaklarını ters çevirmesi ve kapakların arka yüzeylerini incelemesi normaldir.
Göz alerjisisin karıştırılması sadece kırmızı göz durumunda gerçekleşmemektedir. Gözde meydana gelen ve sebebi anlaşılamayan iltihaplanmalar, çeşitli böcek ısırıkları, bazı mikropların neden oldukları hastalıklar ve göz kuruluğu göz iltihabı ile karıştırılabilmektedir. Çeşitli testler gözde alerjiye neden olan bir etmen varsa bunun ortaya çıkarılması konusunda yardımcı olsa da göz alerjisi teşhisinde doktorun yapacağı muayenen yeri çok ayrıdır.